PolGM – Page 8 – Dessin Scientifique avec Inkscape

💡 Intégrer une macro ImageJ

2 mai 202119 avril 2025 PolGM

💡 Astuces

Section rédigée par Jérome Mutterer

Vous pouvez insérer dans votre figure Inkscape une image résultant d’une macro ImageJ. Elle permet d’intégrer aux figures d’article des éléments générés à partir de données source et de code, garantissant la transparence et la reproductibilité des données présentées. Cela nécessite Inkscape version 1.1 (la dernière sortie), et l’extension ImageJ Macro Panel, à placer dans le dossier Extensions d’Inkscape.

Une fois l’extension installée, vous devez :
1) Définir une zone destinée à accueillir l’image.
2) Aller dans Objet > Propriétés de l’objet, et insérer le code source dans la description de l’objet
3) Aller dans Extensions > Figure > ImageJ Macro Panel, et cliquer sur Appliquer

Le code persiste dans le champ « Description » du code SVG de l’objet, ce qui garantit la traçabilité des données sources (à placer dans un sous dossier ‘data’ du répertoire du document actif ou dans un dépôt public) et des étapes de traitement conduisant à la vue présentée dans la figure.

Ces extensions permettent actuellement d’intégrer des éléments générés par ImageJ, R, PyMOL, Processing, et Matplotlib, mais pourraient être étendues à d’autres sources de données. Plus d’informations dans cette présentation : https://f1000research.com/slides/10-278.

Ces extensions sont une contribution de Jérome Mutterer, ingénieur de recherche à l’Institut de biologie moléculaire des plantes (CNRS et Université de Strasbourg) et de Martin Owens, développeur Inkscape.

🛠️Découper une image bitmap

1 mai 202119 avril 2025 PolGM

🛠️ Outils

* Bien qu’il s’agit d’un logiciel de dessin vectoriel, Inkscape vous permet de travailler avec des images bitmap. Une fonction particulièrement utile pour ça est la découpe d’image : vous pouvez extraire une partie de votre image bitmap.

* Pour cela, commencez par importer votre image bitmap dans Inkscape, soit par le menu Fichier > Importer…, soit par glisser-déposer.
Ensuite, créez la forme que vous souhaitez avoir : un carré, un cercle, une forme compliquée créée avec l’outil « créer un chemin », etc.
Mettez une couleur bien identifiable à votre forme (par exemple du rose fuchsia), avec un peu de transparence pour faciliter le placement.
Avec la flèche principale, sélectionnez votre image bitmap et votre forme, clic droit > « Définir une découpe » (« Set Clip » en anglais), et voilà !

* Attention, dans le processus, c’est l’objet devant qui découpe l’objet derrière : ainsi, si l’image est devant la forme à découper, vous n’aurez pas le résultat attendu.
Aussi, les fonctions « Différence« , « Union« , « Intersection« , etc, du menu Chemin fonctionnent uniquement des formes d’Inkscape (rectangles, ellipses, etc) : vous ne pouvez pas les utiliser pour des images bitmap !

🖼️ Posters scientifiques

4 avril 202119 avril 2025 PolGM

🖼️ Packs

J’ai réalisé plusieurs posters avec Inkscape pendant mon doctorat et mes post-doctorats. Inkscape permet en effet d’imprimer des affiches attractives, avec une belle résolution, où l’on peut facilement intégrer des courbes, des schémas, des graphiques, etc.
Je vous envoie 5 exemples de posters réalisés avec Inkscape :

Vous pouvez les télécharger à l’adresse : bit.ly/pack-inkscape-avril

⌨️ La touche « Contrôle »

3 avril 202119 avril 2025 PolGM

⌨️ Raccourcis

Dans Inkscape, la touche Ctr (« Contrôle ») est un peu une touche magique, qu’on utilise un peu tout le temps.

Voici des exemples de l’effet quand on appuie sur cette touche :
-lorsqu’on déplace un objet ou un noeud, le déplacement sera uniquement horizontal ou vertical
-lorsqu’on redimensionne un objet, le rapport hauteur/largeur de l’objet restera fixe
-lorsqu’on fait une rotation d’un objet, la rotation se fera par pas fixes de 15 degrés
-lorsqu’on crée des noeuds avec l’outil Tracer des chemins (courbes de Bézier), les points seront alignés selon un axe vertical, horizontal ou à 45 degrés
-lorsqu’on crée une forme (rectangle, ellipse), le rapport hauteur/largeur sera de 1:1, 1:2, 2:1, 1:3, 3:1, etc
-lorsqu’on modifie un motif, on gardera le rapport hauteur/largeur fixe, et les rotations se feront par pas fixes de 15 degrés
-lorsqu’on utilise la pipette, on appliquera une couleur (plutôt que récupérer une couleur)
-lorsqu’on utilise la molette de la souris, on zoome/dézoome…

Cette touche est très pratique, on s’y habitue très vite !

💡 Prévisualiser les SVG dans l’explorer

2 avril 202119 avril 2025 PolGM Un commentaire

💡 Astuces

Par défaut, les fichiers SVG sont représentés par une icône dans les dossiers Windows. Cela peut rendre l’identification difficile. Mais vous pouvez prévisualiser les svg comme n’importe quelle image grâce à une extension spéciale, appelée SVG explorer.
Pour cela, téléchargez le fichier correspondant à votre ordinateur (x64 ou x86) à cette adresse : https://github.com/tibold/svg-explorer-extension/releases
Installez le fichier, redémarrez éventuellement Windows, et voilà !
Il faut que votre dossier soit en mode affichage par icône (grande, moyenne ou petite) pour pouvoir visualiser l’image, comme pour les autres images.

Malheureusement, je ne connais pas l’équivalent sous Mac et Linux…

🛠️ Insérer des équations type LaTeX dans votre dessin

1 avril 202119 avril 2025 PolGM

🛠️ Outils

* Depuis la version 1.0, Inkscape intègre un outil d’insertion d’équations, basé sur du code LaTeX. Pour l’utiliser, il vous faut aller dans le menu Extensions > Rendu > Mathématiques > LaTeX (pdflatex).
Note : si le menu est grisé, c’est que « pdflatex » n’est pas détecté sur votre ordinateur. Dans ce cas, vous pouvez installer par exemple MikTex.
* Cependant, cette solution n’est pas très pratique, car la boite de dialogue est petite, et l’affichage de l’équation prend plusieurs secondes de temps de calcul. Je vous recommande plutôt d’utiliser un éditeur d’équation en ligne, type CodeCogs.com

Pour cela, allez à l’adresse https://www.codecogs.com/latex/eqneditor.php
Ensuite, écrivez votre équation avec des commandes LaTeX. Le résultat s’affichera automatiquement en-dessous.
Sélectionnez dans le premier déroulant « svg », puis cliquez sur « Click here to Download Image (SVG) »
Vous pouvez maintenant glisser-déposer cette équation dans votre dessin !

Note : cette équation sera sous forme de chemins (courbes de Bézier), donc vous ne pourrez pas la modifier après coup sans refaire le processus à partir de CodeCogs.com.

🖼️ Diagrammes humoristiques

4 mars 202119 avril 2025 PolGM

🖼️ Packs

On peut faire facilement, avec Inkscape, des diagrammes circulaires, type « camembert ». Il suffit d’utiliser l’outil « Cercle » et de définir des angles de départ et d’arrivée, avec différentes couleurs. A titre d’illustration, le pack de ce mois-ci sera composé de 12 diagrammes humoristiques, avec la source SVG.

Voici quelques exemples :

Pour télécharger le pack, c’est à cette adresse : bit.ly/pack-inkscape-mars

⌨️ La barre d’outil à gauche

3 mars 202119 avril 2025 PolGM

⌨️ Raccourcis

Avec la version 1.00, Inkscape a changé les raccourcis clavier de la barre de gauche. Au lieu d’être les touches F1, F2, etc, c’est maintenant la première lettre du nom de l’outil.

Voici les plus utiles :
(S) pour la flèche de Sélection (flèche principale)
(N) pour éditer les Noeuds (flèche secondaire)
(R) pour les Rectangles et carrés
(E) pour les Ellipses, cercles et arcs
(T) pour le Texte
(B) pour les courbes de Bézier (tracer des chemins)

💡 Choisir le comportement par défaut des outils

2 mars 202119 avril 2025 PolGM

💡 Astuces

Inkscape propose deux comportements lorsque vous créer un nouvel objet (par exemple un rectangle) :
– soit reprendre le même style que le dernier objet créé, c’est à dire la même couleur de fond et de contour, éventuellement les détails comme les coins arrondis du rectangle, arc de cercle, etc
– soit partir d’un modèle de base, toujours le même, par exemple un fond noir sans contour

Pour choisir le comportement en question, allez dans Édition > Préférences > Outils, puis cliquez sur l’outil souhaité (par exemple « Rectangle »).
Ensuite, choisissez soit « Dernier style utilisé », soit « Style propre à l’outil ». Dans ce 2e cas, vous pouvez définir le fond et le contour, ou plus simple, cliquez sur une forme dont le style vous plait, et cliquez sur le bouton « Capturer depuis la sélection ».

🛠️ Enveloppe et perspective

1 mars 202119 avril 2025 PolGM 2 commentaires

🛠️ Outils

La nouvelle version d’Inkscape a introduit les « effets de chemin », qui offrent beaucoup de nouvelles possibilités. En voici une qui permet d’obtenir de jolis effets de perspective. Vous pouvez cependant appliquer cet effet à des chemins uniquement, pas à une forme (rectangle, cercle, …) ou du texte. Si vous voulez quand même modifier une forme ou du texte, vous devez d’abord le transformer en chemin, en allant dans le menu Chemin > Objet en chemin.

* Sélectionnez votre chemin (ou forme/texte transformé en chemin), allez dans Chemin > Effets de Chemin, cliquez sur le bouton « + » de la fenêtre qui s’ouvre, et sélectionnez « Perspective et enveloppe ».

* Utilisez l’outil « Editer les noeuds » (flèche secondaire de la barre d’outil). Vous pouvez maintenant déformer le coins de votre objet, et donner un effet de perspective !

* Pour vous faciliter la tâche, vous pouvez cocher des cases pour que vos déformations soient symétriques à gauche et à droite, ou en haut et en bas, ou encore pour définir exactement les coordonnées des nouveaux coins.

Il y a d’autres façons de faire des perspectives, mais celle-ci est la plus simple. Vous pouvez entre autres faire facilement un texte penché à la « Star Wars » !